自闭症患者病情从温和到严重有许多类型，至今还没有一种特效的治疗方法。有些患者随着年龄增长症状会逐步减轻，严重者将影响正常脑功能，治愈难，也有可能终身不治。但如果有特殊训练的老师，特殊的教育方法，自闭症患者可逐渐适应正常生活。

对儿童自闭症要采用综合性的治疗方法。治疗上最重要的是教育和行为治疗，目的是促进对患儿正常行为的教育，特别是社会性行为的矫正，纠正异常行为，消除睡眠障碍、发脾气、多动等继发性症状等。患儿的家庭成员也要注意克服焦虑、自责、急躁j清绪，方能对患儿的治疗产生良好的效果。 父母要改变养育方式，多接近、多关心患儿，给小孩以温暖。此病预后大多不良，往往残留行为障碍，以致适应困难，不能独立生活。少数病人年长后能适应社会生活，智能好的患儿比智能差的患儿预后好。
药物治疗仅对个别症状可能有效，且要在医师的指导下服用。如短期严重失眠，可用安定;有攻击行为，可用奋乃静;促进脑功能的药物可选用脑复新、脑复康，或y-酪氨酸，此外，利他林对治疗孤独和语言障碍有效。近年来，有人报告，服用芬氟拉明治疗自闭症获得疗效，服用后可减轻多动及刻板动作，改善注意力，对有些病例尚可提高智商。氟呱p}醇可改善儿童的孤僻、退缩及某些刻板的行为，药物的选择要取决于儿童的年龄、疾病的严重程度及病程的长短，剂量也应根据每个孩子的具体情况从最小剂量开始，逐渐缓慢加量，直至出现适当的疗效或副反应为止。但是，值得提醒大家的是，虽然许多家长都信服分泌素，但经科学家们认真地分析，发现一剂分泌素对付自闭症是无效的。
患自闭症的儿童，一般病程都比较长，所以用药治疗的时间也相对长一些。家长应注意治疗时药物的副作用，如锥体外系反应、肝功能及心血管以及血象的异常，因此，对患儿定期复查是必要的。