自闭症类障碍儿童肠胃问题的原因是多样的。多重研究揭示出许多自闭症儿童消化不良，吸收不好，肠内病菌过度生长(真菌，细菌和病毒)，以及异常的肠漏。许多家长起先意识不到孩子的自闭症跟胃肠异常有什么关联。

更加不幸的是，许多医生也还没有认识到这种关联。很多家长报告他们的孩子有便秘，腹泻，有时交替出现，还有abnormal amount of gas， 打嗝，大便异味等。临床活组织切片检查证明许多自闭症儿童患有一种自闭症特有的回肠增生症状。许多自闭症医生和医学研究者认为自闭症孩子的慢性胃肠问题的一个首要原因是免疫系统损伤。但是这两个系统彼此关联太密切，所以几乎不可能知道究竟哪一个是因，哪一个是果。

食物不容或者食物过敏，不能消化酪蛋白和奶蛋白，慢性酵母菌感染等都是免疫系统损伤(无论先天还是后天)引发胃肠疾病的征兆。越来越多的证据支持外部影响对胃肠和免疫问题的触发作用，这些外部影响包括含有重金属的疫苗和反复使用的抗生素，他们的杀伤力在本来就很病弱的孩子身上得到放大，无论这病弱性是暂时还是长期的，先天的还是后天的。

这些复杂情况(胃肠，免疫，感染，营养)的相互作用使得孩子的病史和疫苗纪录很必要，而且家族病史变得尤其重要了。特别是，我们需要明确了解孩子是否有家族自免疫史，过敏和传染病史。在第四章我将更加详细地介绍我对测试的思路，测试的用途和费用，测试的顺序等。