学校恐惧症是通过明显的焦虑和躯体症状的结合而体现出来的对上学的非理性的紧张和恐惧。从专业角度来看，学校恐惧症并非真正的恐惧。因此，也可称为学校拒斥，其病理根源，实际上往往深深地植根于病态的母子关系。往往由于母亲需要保持对孩子持续的依恋，而使孩子正常的独立性发展中断。

只要上学的压力不存在，孩子的一切症状全消，因为正是学校成为孩子向之投射冲突的外部场所。有时候，躯体的一些小毛病会加剧这种恐惧。大部分患有学校恐惧症的少年儿童都有些神经症的特征，但程度较轻，而社会适应较差，其中有少数人属于整个人格的扭曲（即人格障碍），他们往往是稍稍大一些的少年。这类孩子往往更加依赖母亲，社会适应更不成熟。

这些少年儿童的学校恐惧往往在不知不觉中发生，因为他们本来就是因一些莫名其妙的病而长期缺课者。患学校恐惧症的孩子越早回到学校，并坚持下去，则预后越好。持续不到校，会加剧并固化病理心理。并且，病儿因为从恐惧症中得到额外的好处（例如和母亲在一起，获得物品等），而使病理心理过程被强化。

处理学校恐惧症的第一个步骤，是使孩子尽早回到学校，开始时应先对孩子及家庭进行适当的测评，以确定孩子是否能够回到学校（往往是能够的），同时确定孩子及家庭环境中有哪些因素阻挠孩子回到学校，哪些力量能够支持孩子回去。要告诉孩子及家长，无法上学是情绪障碍的一种症状，而治疗的关键是立即回到学校去。在此之后的治疗措施则各不相同。有些咨询师仅仅通知父母，让他们自己相处切实可行的办法，以实现孩子回到学校的目标，然后每周数次对孩子及父母进行心理治疗，确定并解决回校后遇到的种种困难。