许多自闭症儿童至少首先表现出免疫失调，要么反应过度，要么反应不够。一些研究者和医生已经整理出一套理论，当一个病弱的孩子遭遇环境侵害时（例如汞接触或者接受疫苗中弱化的病毒），孩子的免疫系统的打击对象不仅是真正的过敏原而且还包括看起来像过敏原的大脑的分子构造。

自免疫过程的一个秘密是孩子体内有针对中枢神经系统蛋白质髓磷脂保护蛋白质（MBP）的自抗体。一项对比研究把33个自闭症孩子跟18个正常孩子，20个智力迟缓孩子，12个唐氏综合症孩子做了比较，58%的自闭症孩子体内发现抗髓磷脂保护蛋白质的自抗体，其他孩子中只有9%的几率。

这是一个令人振奋的发现，因为髓鞘形成是人脑发育的重要组成部分。在髓磷脂像护套一样把神经包围起来，神经必须依赖髓磷脂才能有效地传导能量的脉冲。就像电线的绝缘外层，髓磷脂的脂肪层帮助把电流围护起来，从而保持神经电信号的完整性。当电线的绝缘遭到破坏或毁坏时，电流就会中断或者短路。当免疫系统共计自身的髓磷脂时，短路就在大脑里发生了。神经的轴突就停止正常工作。

自免疫的研究结果为自闭症的其他亚型及其成因提供了理论支持。如前所述，含有乙烷汞或者活性病毒的疫苗可能早就造成孩子免疫失调，营养状况失衡，以及体质虚弱。另外，越来越多的临床数据显示一些自闭症孩子患有慢性的，临床症状不明显的感染症，而这些感染症对于孩子的不良特性具有重要的病因学价值。